Осевую часть Южно-Чуйского хребта слагает южночуйский амфиболито- гнейсово-кристаллосланцевый полиметаморфический комплекс, образующий субширотную полосу глубокометаморфизованных пород шириной 5-15 км и протяженностью около 50 км. На севере эта полоса ограничена зоной Чарышско-Теректинского разлома, на юге по- степенно сменяется слабометаморфизованными флишоидами. Метаморфические породы южночуйского комплекса представлены метапелитовыми кристаллическими сланцами и гнейсами с кордиеритом, гранатом, ставролитом, силлиманитом и кианитом с участием амфиболитов и слюдистых кварцитов, а также мигматитов и автохтонных гранитоидов. В составе метаморфического комплекса доминируют три группы пород, связанные между собой постепенными переходами: 1) двуслюдяные кварцево-плагиоклазовые кристаллические сланцы с сохранившимися реликтами исходной породы, 2) двуслюдяные кварцево-плаги- оклазовые кристаллические сланцы с гранатом и силлиманитом и 3) биотит-плагиоклазо- вые гнейсы. От кристаллических сланцев первой группы установлены все переходы к неиз- мененным терригенным породам. Переходные разности обладают реликтовой бластопсам- митовой структурой, по сланцеватости интенсивно развивается мелкочешуйчатый биотит и отдельные более крупные кристаллы биотита с пойкилобластической структурой.